Novice profesorjev

Na Katedri za biokemijo iščemo študenta, ki bi opravljal diplomsko delo s predvidenm naslovom: Študij tvorbe pore NLP proteinov s pomočjo veziklov celičnih velikosti

Vezikli celičnih velikosti (ang. 'giant unilamellar vesicles', GUV) se v zadnjem času veliko uporabljajo pri študiju procesov v lipidnih membranah. Z velikostjo 5‐100 (mikro)m so podobnih velikosti kot evkariontske celice. So dobro vidni pod optičnim mikroskopom, kar je njihova glavna prednost v primerjavi z manjšimi vezikli. Veliko se uporabljajo tudi pri študiji proteinov, ki tvorijo pore saj omogočajo opazovanje prehajanja različno velikih molekul v notranjost ob hkratnem spremljanju oblike in velikosti vezikla.
NLP (NEP1‐like proteins) izločajo nekatere za rastline patogene glive ter bakterije. Pri dvokaličnicah NLP sprožijo imunski odziv in celično smrt. Pred kratkim je bilo ugotovljeno, da so NLP po strukturi podobni toksinom, ki jih izločajo morske vetrnice. Domneva se, da imajo tudi NLP citolitično aktivnost.

V diplomskem delu bo študent preučeval:
1. Vezavo fluorescentno označenih nativnih NLP proteinov iz različnih organizmov in nekaterih mutant na GUV‐e (nativni proteini in mutante so že pripravljeni).
2. Z uporabo različnih lipidov za pripravo GUV‐ov bo poskusil ugotoviti lipidno specifičnost NLP proteinov.
3. Prehajanje kalceina in različno velikih fluorescenčnih dekstranov skozi poro, ki jo tvorijo NLP.

Diplomsko delo bo potekalo v okviru mednarodnega sodelovanja s Centrom za molekularno biologijo rastlin (Tuebingen, Nemčija) in bo v celoti opravljeno na Oddelku za biologijo. Študent se bo med delom seznanil s pripravo GUV‐ov, ki poteka z elektroformacijo, ter s fluorescentno mikroskopijo, ki bo potekala na mikroskopu AxioImager Z1 (Carl Zeiss). Z delom se lahko prične takoj. Delo je primerno za
študente biologije, biokemije, biotehnologije in mikrobiologije.

Vsi zainteresirani kandidati naj se oglasijo po e‐pošti na gregor.anderluh@bf.uni‐lj.si ali tilen.praper@bf.uni‐lj.si.